2021年10月31日，南宁机场国际货站正式启用，自此，南宁机场国际货站和国内货站实现分离运营。
近年来，南宁机场国际货邮吞吐量增速迅猛，从2017年的821.7吨到2019年的2294.99吨，国际货邮吞吐量增长了1.8倍，2020年首次破万吨，实现10858.4吨，较2019年增长了3.7倍。随着国际航空货运的快速发展，原库房占地2300平方米的国际货站已远远不能满足航空货物保障和国际航空货运业务发展需求。为适应保障和发展需要，加快推动将南宁机场打造成为面向东盟的门户枢纽机场和国际航空货运枢纽，结合现有航空货运基础设施的建设情况以及未来国际货运发展预期，机场集团启动了南宁机场国际货站搬迁项目，并于10月31日凌晨，完成了国际货站搬迁工作。
搬迁后的南宁机场国际货站作业面积将由原来的2300平方米提高至8200平方米，国际货邮保障能力将由原旧货站年处理量1万吨增至8万吨/年，为兼具航空口岸服务、保障国际(地区)普货、快件和邮件、生鲜品货物进出港功能的综合型国际货站。南宁机场国际货站的启用，将极大提升南宁机场航空货运业务能力，有效缓解南宁机场国内公共货站二期项目建成前国内库房不足的问题，满足机场货运常态化疫情防控工作需要，有力提升南宁航空货运安全生产能力和服务保障品质，为南宁及广西的进出口业务搭建一个更加方便、快捷、安全的航空物流平台，助力南宁临空经济示范区建设。