日本的出口通关制度：1、出口货物运入保税区或其它保存场所
对海关进行出口申报之前，出口货物须先运入保税区(Bonded Area)，由专门机构对货物的品质、数量等进行验收，然后方可进行出口申报。日本的保税场所主要有指定保税区、保税货场、保税工厂、保税展览场地、综合保税区。
进出口货物运入或运出保税区均须事先书面报告海关，并有海关官员在场监督运输。
进出口货物在办理通关手续时原则上应放置于各种保税区中，但在某些情况下，货物的性质、状态和保税区的状况无法保证货物方便和适当地进入保税区，此时海关关长可允许某些货物在一定时期内存放在保税区以外的适当场所。
2.出口申报
出口申报由出口商或其代理人进行，但在通常的出口通关中，都由具有通关资格的海运公司代出口商办理全部通关事务。
集装箱运输货物(已通过集装箱运输的审批)出口申报时，需附上由确认装箱的机构(原则上为海关关长认可的公认鉴定机构)出具的证明书，注明品名、数量、编号、进出口商号、船名、唛头等通关审查必须事项。一般集装箱货物原则上不得与其它货物混装，但同一出口商的货物则可混装。
3、出口许可
出口申报经所需文件确认无误后，出口即得到海关许可。在出口商填写的3份《出口申报书》中，1份由海关存底，1份交大藏省关税局供海关统计用，另1份作为出口许可书(Export Permit)，与出口审批文件和出口报告书一同退出口商或其代理人。出口商提取货款时，需向外汇银行提交上述文件，外汇银行确认无误后送交日本银行。出口商所交商业发票中，海关留存1份，另1份与出口报告书一起送交通产省，用于出口统计。日本的进口关税、国内消费税减免及退税制度；1、进口关税的减税及免税：
(1)货物发生变质或损伤(Damage Cargo)
a、进口申报前发生变质、损伤的货物，在进行申报时应考虑酌减关税。
b、进口申报后至获得进口许可前，货物因所在地发生火灾、水灾等不可抗拒事件，导致变质或损伤的，可减征关税。此时，进口商须在进口许可下达前向货物所在地海关关长提交2份《损伤、变质减税明细书》，记载货物编号、品名、数量、变质损伤原因及程度、计划减税金额及其计算根据等。
(2)非变质、损伤货物(Sound Cargo)
日本政府从国家政治、经济、社会等政策出发，对一些商品规定了临时或长期的减免税政策。如，对于有利于国内设备现代化的某些机械类产品，有临时规定的减免税或退税政策。
(3)关税减免手续
申请减免税时，须在进口申报书上注明减免税有关事项，在申报时提出减免税要求。
2、进口关税的退税：
获得进口许可并已缴纳进口关税的货物，在获得许可后继续保存在保税区或其它规定地点时，因灾害等不可抗力原因而导致变质、损伤，按规定可退还全部或部分所缴关税。灾害结束后，进口商须立即向所在地海关提交《受灾货物报告书》，海关关长予以确认并发给确认书。灾害结束后3个月内，进口商可凭上述确认书向货物所在地管辖海关关长办理受灾货物关税返还申请。
3、国内消费税的征收与免税：
日本规定进口酒类、糖类、挥发油、石油气等商品时，在缴纳进口关税的同时，还须缴纳国内消费税，这类商品的国内消费税手续一般与关税一起办理，不必单独提出消费税的申报书。因各种原因免征进口关税的货物，其国内消费税也相应免除。
日本的进口通关手续：1、普通船与集装箱船通用的进口通关手续
(1)货物进入保税区(Transportation into bonded area)卸货后，原则上须首先运往港口保税区或海关长指定的其它地点。办理完通关手续、缴纳进口关税、获得进口许可后，方可提取。货物运入各类保税区时，须向海关提交运入审批申请书。但若获准在货船舱内验货或驳船上验货时，进口申报不必在保税区内办理。
集装箱货物的大宗货物(整箱货)必须全部存放于集装箱货场(Container Yard)，小宗货物(拼箱货)全部存放于集装箱集散站(Container Freight Station)。普通货轮货物的存放地点可由进口商自行决定。一般多临时放置在保税货棚(Bonded Shed)，须长期存放时则可利用保税仓库。
如果进口货物不适合或不能进入保税区，海关也允许存放在其它指定地点，但适用关于保税区的各项规定。
(2)进口申报货物运入保税区或其它指定地点后，进口商向海关关长提交下列文件，进行关税缴纳申报。
a、《进口纳税申报单》3份
b、附件：商业发票2份(无外汇进口交1份)；包装明细书、重量证明书；运费明细书、保险费明细书(进口价格非CIF时)；原产地证明书、商检证明等；关税缴纳书4张1套、消费税缴纳书1套；进口审批证(须审批的商品)或事前确认书(须事前确认的商品)；其它有关法令规定的许可证、审批书等；有关的免税文件。
若在进口申报时进口商没有得到装船单据和出口商签名的商业发票，进口商须制作预开发票(Pro-forma Invoice)并签名，得到银行认可后提交给海关，凭此获得进口许可并提货。进口商获得出口商发来的商业发票之后，经海关要求须补交。
(3)进口检查
检查方法按范围有抽样检查、部分指定检查、全部检查3种，按地点分为现场检查、驳船上检查、货船上检查、检查场检查。进口动植物及其制品、食品等，须经过检疫和防疫部门的检查。
(4)进口许可
a、海关对进口申报单进行审核，必要时检查货物。审核申报无误后，海关将4份关税缴纳书中的3份退回进口商，进口商到日本银行或其代理机构(设在海关内)缴纳进口税。完税后，进口商凭收据到海关领取进口许可书和进口审批证。
b、进口商获得进口许可书后，将货物从保税区提出运至自己的仓库。此时，进口商将海关退回的进口审批证附上进口配额证明书交给外汇银行，外汇银行将上述文件交日本银行进行事后审查。按规定，进口许可书须由进口商保存3年。
2、集装箱船货物的通关
(1)日本港口集装箱货场管理员(Container Yard Operator)在货轮入港前作为船公司的代理人向动物检疫所或植物防疫所提交《进口动物类货物一览表》或《植物类货物一览表》。货轮入港后，须马上向海关提交货物清单(Cargo Manifest)、卸货申请、集装箱清单(Container List)等。
(2)通关场所
集装箱货物的进口通关地点可以是集装箱货场、码头保税堆货场甚至内陆仓库。
a、集装箱货场通关
进口商在集装箱卸货场办完通关手续，获得进口许可并提走货物。海关将进口商提交的文件和进口商品进行对照检查，确认与申报和纳税相符后，在所收纳税申报单上盖章并退还进口商。进口商凭此到日本银行的代理机构等指定地点缴纳关税，凭税金收据到海关取得进口许可，提走货物。
b、码头保税堆货场通关
集装箱自船上卸至集装箱货场后，运入进口商的专用保税堆货场，然后按通常方式办理进口通关手续，但费用较高、手续较复杂。
c、内陆仓库通关
进口货物卸下后直接运往保税仓库，办理通关手续。这是一种特殊通关方式，一般并不采用。由于货物在日本内地运输途中尚未完成进口申报，属于保税运输，因此采用此方式通关的进口商须事先向海关提交《外国货物运送申报书》