(1) 信用风险
由于跨境货物贸易可能导致货款已付未收，或货款已付未收的现象，第三方支付平台的监管仅限于虚拟层面，难以确定交易的实际情况。因此，对于交易双方而言，都存在一定的信用风险，可能会承担另一方进行交易的违约风险。此外，在这里引入第三方 干预还有很多困难。例如，当贝宝就海外贸易发生争议时，它可能会故意偏袒其他国家，这使得中国企业在面对海外贸易时的经济纠纷和信用风险得不到保护。
(2) 网络风险
跨境电子商务支付通过互联网渠道进行。因此，在交易传输过程中会出现一系列网络安全问题，如黑客攻击、数据系统破坏等，导致大量内部数据被泄露或篡改。此外，由于虚拟交易，支付也会很困难。
(3) 法律风险
由于跨境电子商务支付涉及多个国家，支付过程中产生的矛盾和纠纷会在不同的法律和监管体系中增加跨境支付的法律风险。例如，在跨境电子商务中，每个国家的法律都倾向于保护自己的企业，这可能会给交易中的一方造成损失。
(4) 流动性风险
跨境支付和结算将伴随着资金到达时间的问题。一般来说，资金不能立即到达，需要通过结算银行购汇或结汇支付。一般支付平台完成交易资金结算通常需要7到10天，这可能会导致企业资金周转出现问题。例如，企业需要从交易中获得支付，以支付员工工资、生产产品、购买原材料等，但由于支付过程中资金停滞一段时间，会导致企业经营周转出现问题，导致企业经营的流动性风险。