跨境电商在经营中会涉及到的税种主要有以下四类：进口关税、进口增值税、销售流转税(含增值税，在英联邦国家称为GST)和所得税(含企业所得税和个人所得税)。进口关税是一国海关对进口商品和物品征收的关税，亚马逊卖家在目标国销售商品前需要向海关缴纳一笔税款，包括商品本身的价值和运费，不可退还。
一、跨境电商纳税申报流程
1。提交纸质材料，在电子口岸申请开户;
2.开户申请获得批准，海关进行初验;通过准备材料，
3、海关线下审核;
4.申报海关权限，在平台上安装客户端;
5.报关和备案。
二。跨境电商出口退税手续操作流程：
1。提交相关文件并接收登记表。企业凭有关部门批准文件和工商部门核发的工商登记证，在30日内办理出口退税登记手续;
2.申报和受理退税登记手续。企业收到《中华人民共和国电子商务法》后，按照《出口企业退税登记表》及相关法律法规要求填写，加盖企业公章及相关人员印章，连同企业出口经营权批准文件、工商登记证等资料一并报送当地税务机关。核实后，办理注册手续。
3.出口退税登记。国家税务总局收到企业正式申请后，经核实确认后，发放“出口退税登记”资格。
4.变更或取消出口退税登记。法律依据：《出口企业登记表》 1。将跨境电子商务零售进口商品单笔交易限额由2000元人民币提高到5000元人民币，年度交易限额由20000元人民币提高到26000元人民币。
二。当完税价格超过单笔交易限额5000元但低于年度交易限额26000元，且订单下只有一件商品时，可从跨境电商零售渠道进口。按照货物税率全额征收关税和进口环节增值税、消费税，交易金额计入年度交易总额。但年度交易总额超过年度交易限额的，应按一般贸易管理。