日本所得税是日本政府对在日本的居住者和非居住者个人的所得征收的一种税。征税所得包括利息所得、分红所得、不动产所得、薪金所得、退职所得、事业所得、转让所得、山林所得、临时所得、杂项所得等。对居住者，以上述全部所得为征税对象，对非居住者，只就来源于日本的上述所得为征税对象。
日本所得税，以应税所得额为计税依据。应税所得额是纳税人的全部所得额减去为取得所得所发生的必要费用和税法规定的扣除额后的余额。税法规定的扣除主要有：其他损失扣除、医疗费扣除、社会保险费扣除、小规模企业互助存款扣除、生命保险费扣除、损失保险费扣除、捐赠款扣除、伤残者扣除、老年人扣除、遗孀扣除、学生扣除、配偶扣除、抚养扣除、基础扣除。这些扣除一般都规定扣除限额。
日本所得税实行累进税率和比例税率。累进税率1987年以前共有15级，最低税率为10.5%，最高税率为70%; 1987年后简化为5级，其最低税率为10%，最高税率为50%。比例税率主要适用于对利息所得征税。现行规定，普通存款利息所得按20%征税，定期存款利息所得，或按35%的比例税率征税，或依纳税人的选择与其他所得合并征税。征收方法分申报缴纳和源泉征收两种。对利息、分红、薪金和退职等项所得，由支付人在支付所得时扣缴，对其他所得，由纳税人定期申报缴纳。