目前海关查验针对进出口报关单，由计算机应自动选择需要检查的报关单，并随机选择检查人员进行检查操作。检查发现问题的，按照操作规范移交有关部门处理;检查正常的，通过计算机系统反馈检查结果，由他人决定是否放行。
海关查验中存在的主要问题如下：
1、重量不一致，超出允许误差范围
包装清单中有一个重要的数据叫做毛重。毛重是报关过程中非常重要的数据。一些工厂估计了包装清单中的重量，但没有称重。
一些工厂在包装时安装较少或较多，但未及时更改包装清单中的数据，导致申报重量与实际出货重量不一致。当重量正负超过500kg时，铃声响起，这意味着柜子很可能进入缉私科。
2、箱数问题
在检查货物时，海关将首先检查外箱的数量、标志和其他外观特征。一般情况下，允许少量多报，申报进口500箱，实际出口480箱，基本没有问题，但如果申报500箱，实际安装600箱，就有问题，因为海关可能认为是非法运输。
3、吊牌问题
国外更加重视知识产权。进出口货物有品牌，必须申报品牌，并提供两份中英文授权书，一份是工厂授权的生产授权书，另一份是工厂授权的报关行。特别是出口时，由于赶货繁忙，品牌写错了或发错了货。
总之，有品牌的人说没有品牌，没有品牌的人说有品牌。情况很严重。如果一个大品牌可能涉嫌非法运输。
4、虚报认定
鉴于申报内容与文件和实物不一致，海关将首先根据货物的数量和金额来判断是否有主观意图。
数额较小按照《出入境货物报关单修改或撤销》及有关法律法规进行修改或撤销，无主观故意的，免予处罚。申报后，可以在海关检查前向海关申请修改。
若数额较大，且有主观故意，严重干扰正常海关秩序的，将面临海关行政处罚，情况严重移交私科处理。