澳门港分外港和内港。
外港位于澳门半岛之东面，是为往来香港之定期客轮上落乘客所专用。内港位于澳门半岛西面，由34个码头组成，货物之装卸都在此运作，而内港14号码头只供获本局批准之船只上落乘客。
南舢舨码头位于内港8号与9号码头之间，供锚泊于内港之船舶上的人员登岸及离岸，且只限持有澳门居民身份证、葡藉认别证或获有权限当局批准的人士才可在此登岸及离岸，并应事前向该处的水警稽查分站报备。往内港航道及内港航道均为55公尺宽，两者之海图深度都维持3.5 公尺。九澳港位于路环岛之东北面，九澳港包括有油库码头、水泥厂码头、集装箱货运站码头及发电厂码头，往九澳港之共同航道，宽为75公尺。
澳门在历史上曾经是远东最繁荣的商埠之一，十六世纪后期到十七世纪前期的一百年间，是澳门的转口贸易的全盛时期，澳门当时成为联结欧洲、亚洲、拉丁美洲海上丝路贸易大循环的枢纽。然而鸦片战争以后，香港凭借着天然良港的优势，以及其他种种历史和经济的原因，迅速取代澳门而成为远东繁荣的贸易转口港，而澳门因为自然条件的限制，港口泥沙淤塞严重，尤其是海上运输从帆船时代进入轮船时代，航运更加不便，澳门的转口贸易规模和范围急剧缩小。
澳门回归五年来，经济持续快速增长，多个大型基建项目相继动工兴建。美资、港资和澳门自己的大型酒店、娱乐场、会展中心等建设项目在澳门半岛和氹仔岛四处开花，澳门这个小城到处是一片繁忙的建设景象。另外，据澳门特区统计暨普查局最新资料显示，今年第三季度，澳门零售业销售总额为二十二亿元，与去年同期相比上升了23%，与上一季度相比上升了4%。经济发展、销费增加、大型建筑项目等，这些都使澳门的港口货运量大幅提升，急剧增长的业务量让这个只能停泊五千吨以下货轮的港口空前繁忙。九澳港根据业务量大增的需要，兴建一个新的货轮泊位，于2005年12月破土动工。