蒙巴萨港是东中非地区重要的海运中转通道。卢旺达、坦桑尼亚、乌干达等国的进口货物几乎都由这里中转。然而，基于各种原因，蒙巴萨港口的运作效率并不太高。
肯尼亚蒙巴萨港口的进口商和运输公司正在放缓其业务运作的步伐，蒙巴萨港总经理Gichiri Ndua如是说。虽然港口的运作效率有所提升，然而进口商依然延迟向有关机构提交相关文件，导致清关速度放缓，港口业务受损。
他说，进口商一旦接收到相关文件，得尽快提交给有关方面，这样才能启动货物清关程序。如果不这样做，港口必须为滞留的货物保留更多的空间，导致运行效率低下、空间浪费。此外，到港口接应货物的卡车数量也不足，因此货运公司还需提升到港口接应集装箱的运力。
目前，蒙巴萨港口每天最多可以输送2000个20英尺集装箱，但是由于接货卡车不足，导致货物延迟。
Gichiri Ndua说，集装箱滞留在港口的时间多达五天，这是不太合理的，进口商在货柜到达那天就可以把货拉走。从蒙巴萨港口清关并运送至Malaba边境的总时间从原来的13天降低到4.8天。中转货物在港口的停留时间从原来的7.1天减少到5天，而国内货物清关时间也下降到是三天。因此 货物平均停留时间削减至四天。
剔除道路封锁、路障等非关税障碍也将有利于提升货物运输效率。进口商在货船到达之前就可以向有关方面提交文件，这样也将大大提升清关速度。
蒙巴萨港(Momasa Port)坐落在肯尼亚蒙巴萨岛上，有铁路桥与海堤和大陆相连，濒临印度洋的西侧，是肯尼亚的最大港口，也是东非的最大港口之一。蒙巴萨港位于非洲东岸中部，而由此向北直到红海几乎再没有大港，向南直到南非只有德班港才能与其媲美，因此她是非洲东岸最大的港口。
肯尼亚、乌干达的大部分外贸物资及卢旺达、坦桑尼亚以至扎伊尔东部、苏丹南部的一部分货物均由此中转。港口的条件在东非诸多港口中首屈一指。该港有各类万吨级以上泊位21个，港口吃水9.45米以上，24小时通航，其中16、17和18号泊位是集装箱专用泊位，码头吃水10.45米，有40吨集装箱桥吊4台。