中国一共有两所海事类大学上海海运学校，一所是大连海事大学上海海运学校，进入了211工程项目上海海运学校，并且是交通运输部唯一的直属高校，而另外一所，就是位于上海的上海海事大学，当然后者就没有前者命那么好了，发展也不如前者好。
上海海事大学的历史还是很悠久的，可以追溯到1909年创办的上海高等商船学堂，1929年改为吴淞商船专科学校，1950年，与上海交通大学航业管理系合并升格为上海航务学院。1953年，上海航务学院、东北航海学院、福建航海专科学校三校合并成立大连海运学院(大连海事大学)。
今天的上海海事大学是在原址上重建的院校，自然实力没有前者那么强大了。1958年，交通部在上海重建上海海运学院，之前去往大连的原上海航务学院的部分师资也返回上海，也算是对上海海运学院的支持了。1962年，海洋运输专业并入大连海运学院，机械工程类专业并入武汉水运工程学院(武汉理工大学前身之一)，两校的经管类专业并入，这样一来，上海海运学院的交通类专业遭受到了一定的打击。
1966年，办学方向从海运转为水运。1981年，获得硕士学位授予权，算是比较早的高校了，1998年获得博士学位授予权。1999年，上海港湾学校划归管理，2000年从交通部下放上海直属。2004年，正式更名为上海海事大学。2008年，交通运输部与上海共建上海海事大学。