纽约大都市区拥有美国最繁忙的机场系统，同时也是美国最主要国际门户。纽约大都市区主要由三大机场提供服务，分别是约翰·F·肯尼迪国际机场(JFK)、纽瓦克自由国际机场(EWR)和拉瓜迪亚机场(LGA)。
2018年，纽约三大机场共处理旅客1.38亿人次，较2017年增长4.5%，较10年前(2009年)增长32%。
2018年夏天，纽约三大机场每天有3700个航班起降，平均每24秒就有一架飞机起飞或降落。在这些航班中，39%从肯尼迪机场起降，34%从纽瓦克起降，27%从拉瓜迪亚机场起降。
纽约多机场系统
肯尼迪国际机场(JFK)
肯尼迪国际机场位于纽约市皇后区，距曼哈顿30公里，是服务于纽约大都市区的主要国际机场，是北美最繁忙的国际航空客运门户。JFK是世界上第22繁忙机场，也是美国第6繁忙机场，同时是纽约机场系统中最繁忙的机场。
2018年，JFK旅客吞吐量超过6190万人次，年起降量达到了45.5万架次。有近100家航空公司在该机场运营，飞往50个国际目的地。
JFK有六座航站楼，128个近机位，四条跑道(两对平行跑道)，机场占地21平方公里。它是美国航空公司和达美航空公司的枢纽基地，也是捷蓝航空公司的主要运营基地。
预计到2020年，该机场的年客运量将达到7500万人次，到2050年将达到1亿人次。
2018年10月，管理层公布了一项130亿美元扩建计划，将新建两个国际航站楼。其中一个航站楼将由汉莎航空公司、法国航空公司、大韩航空公司和日本航空公司共同出资建设，造价70亿美元，共有23个登机口。另一个耗资30亿美元的航站楼将由捷蓝航空开发。机场扩建项目预计将于2025年完工。