随着马士基、赫伯罗特、达飞接连公布碳税附加费参考价，欧盟排放交易系统(EU-ETS)对海运业的影响开始进入现实，但目前3家船公司给出的参考价几乎看不出统一标准，同一航线上的价差就高达98欧元/40尺箱（约人民币755.13元）。这里列出的参考价基于2024年，只需缴纳40%的碳税，如果到了2026年全额缴纳，MSC曾预警每个冷箱可能要多出高达500欧元（约人民币3852.71元）的成本。难怪货主对此惴惴不安，欧盟港口则忧心货量流失，EU-ETS碳税究竟会如何影响海运业呢？
欧盟排放交易系统始于2005年，目前适用于30个国家（27个欧盟成员国+3个欧洲经济区国家），受监管的企业根据碳排放量购买相应配额（EU allowances），每排放一吨二氧化碳对应一个配额。2024年起，船公司需要监测并报告每年的船舶碳排放量，碳税覆盖了总载重吨5000吨以上的船舶。因5000载重吨相当于300TEU，仅有部分驳船可免税，即使在欧洲内部航线中，100-999TEU箱量的船舶也仅占14%，亚欧航线及北欧至美东的主干航线中无一能免税。
需要缴纳碳税的航程范围是这些船舶从欧盟到非欧盟港口、以及非欧盟港口到欧盟港口航程排放量的50%；欧盟港口之间航程排放量，以及挂靠欧盟港口排放量的100%。（不过如果船舶停靠港口仅仅是为了加注燃料、补给、更换船员，或者船舶在港口外过驳等，不计入挂靠）。简言之，一条航线中，只要有一端挂靠了欧盟港口，就要计算那段航程50%的排放量，在欧盟港口之间的所有排放都要计入。
海运业将分阶段缴纳碳税，2024年缴纳经核定排放量40%的配额，2025年增加至70%，2026年至100%。2026年起，除二氧化碳外，ETS法规还将扩展到另外两种温室气体，一氧化二氮和甲烷。此外，欧盟还计划推出Fuel EU法规，通过限制船舶年度温室气体排放强度，促使船舶使用可再生或其他新能源作为船舶燃料。
由于征税主体是运营船舶的船公司，EU-ETS碳税最终无疑会以附加费的形式转嫁到货主身上，关键是船公司之间的附加费参考价差距太大，充满了不透明性。
第1个问题是，碳税的征收对象是每条船舶每年的排放量，船公司则会根据每个箱子来收费，还有监测成本等等问题，因此船公司可能采用不同的计算方式，货主则无从得知每个箱子的排放量是多少。据挪威船级社估算，假设碳税价格是90欧元每吨，一艘部署在亚欧航线上的5000TEU级别集装箱船每年排放约40000吨二氧化碳，因为挂靠的港口一端位于欧盟，计入20000吨（50%），再加上在欧盟港口内排放的2500吨，总计22500吨，由于2024年的缴纳基准是40%，2024年需交22500x40%x90=81万欧元，2025年是141.75万欧元，2026年就是202.5万欧元。这些成本如何分摊到每次航程每个箱子，只有船公司知道。
第2个问题是，船公司要先监测排放量后交税，在次年的9月缴纳前一年全年的碳税，货主却要提前付附加费。船公司通过预测2025年会交多少税，来为2024年的附加费定价，但碳税价格是浮动的。
由于欧盟减排幅度逐年增长，碳税配额会不断缩减，价格也会随市场波动，船公司可以参与欧洲能源交易所拍卖，在一级市场上以固定价格购买，也能在二级市场上买卖。今年2月，EU-ETS的碳价格达到100欧元/吨的峰值，目前徘徊在85欧元左右，据伦敦证券交易所估计，如果欧盟要在2040年达成净减排90%的目标，届时碳价格可能会突破400欧元/吨。在欧盟范围内，海运产生的碳排放量占总量的3%至4%，海运业进入碳市场后，碳价格也许不会太过波动，马士基就将估算基准值定为90欧元/每吨，可会变动的市场依然有很多不确定性。
丹吉尔地中海港（Tanger-Med）为欧盟外转运港，阿尔赫西拉斯（Algeciras)为欧盟港口
第3个问题是，因为成本较高且不可控，船公司会想方设法避税，如安排大船停靠欧盟外转运港卸下箱子，通过驳船转运至欧盟港口，或增加挂靠非欧盟港口，最终反而可能会增加航程并增加碳排放，对欧盟港口吞吐量也带来负面影响。因此，欧盟规定，往返欧盟外港口与欧盟外转运港航程碳排放的50%，以及往返欧盟外转运港与欧盟港口航程碳排放的50%也要缴税。这些转运港的定义是距欧盟港口不到300海里，且每年集装箱转运量超过港口总运输量的65%。欧盟将于今年年底前公布转运港的清单，并每两年更新一次。
但对转运港的限制不能打消欧盟港口的担忧，欧洲海港组织（European Sea Ports Organisation）指出，65%的标准太低，除丹吉尔地中海港、塞得港等大型转运港外，欧盟周边很多港口都具备转运能力，船公司也正在加大对这些港口的投资。瓦伦西亚港务局就列出了土耳其的Ambarli、Aliaga和Mersin港，以色列的Ashdod、海法港，黎巴嫩的Beirut港，埃及的Damietta港，摩洛哥的Nador West Med港，阿尔吉利亚的Cherchell港等。即使转运港受到限制，在现行规定下，挂靠转运港也比挂靠欧盟港口更有利。该组织还称，他们已经听闻有些航线准备改道。
对于船公司可能更改航线，使得欧盟港口竞争力降低，鹿特丹港曾委托咨询机构进行案例研究。当碳配额价格较高，规避成本（港口成本、运营成本、租船成本）较低，前往欧盟港口最后航次或从欧盟港口出发的首航次排放量较高，转运成本较低的情况下，通过改变港口挂靠顺序、增加欧盟外港口停靠确实有利可图。研究时参照的碳价格中间值为67欧元/每吨，燃料成本是491欧元/每吨，与现在相比不可同日而语，船公司最终会如何抉择，很难预料，欧盟周边的转运港将迎来发展良机。