1、本质区别
微商城可以直接和微信公众号关联，可以理解为是一个移动商城的网站。小程序商城是存在微信APP内的应用，必须通过微信访问。
2、入口区别
微商城可以通过微信公众号直接进入、分享，小程序商城的入口只能通过微信下拉进入，但是小程序商城具有附近显示的优势。
3、体验和沟通
微商城就是移动商城网站，小程序商城更像是app的一个应用，体验好，更容易分享和传播。
4、审核差异
微商城一般只需要有一个备案号即可。小程序商城除了备案审核，微信官方还需要审核相应的资质才能上架，比如餐饮行业，需要有食品经营许可证等。
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