税收政策不同：海南离岛免税是指在海南省指定的离岛免税商店购买商品，免除关税、消费税和增值税;而跨境电商进口是指在跨境电商平台上购买境外商品，免除关税，消费税和增值税按照70%征收。
额度不同：海南离岛免税额度是10万/年，不限次数;跨境电商进口额度是2.6万/年，单次消费限额5000元。
商品种类不同：海南离岛免税商品的品种总计有45类，包括食品类、化妆品类、服饰类、饰品类、电子产品、家居类、其他类;跨境电商进口正面清单内目前有1476项商品，涵盖了食品饮料、服装鞋帽、家用电器、化妆品、儿童玩具、生鲜、保健品、酒类等国内热销商品。
购买方式不同：海南离岛免税需要前往海南指定离岛免税商店购买;跨境电商进口可以在电脑或手机上通过跨境电商平台购买，保税仓发货，满足消费者个性化需求。
跨境电商零售进口国外产品流程：
1、境外海外仓集货;
2、国际物流运输到国内;
3、国内报关进入综合保税区仓库;
4、在跨境商城销售；
5、单一窗口海关报关;
6、快递派送给消费者。