1、用户体验
小程序有着比较良好的用户体验，已经可以和手机APP的体验相媲美，微商城的话，相比小程序的加载时间要久一点，页面响应没有小程序快。所以小程序在体验这块比微商城要好一点。
2、入口场景
小程序的入口要多，有十二个流量入口，其应用场景也很丰富，而微商城，一般都是通过公众号进入的，或者是在好友分享中链接中，点击进去。
3、用户留存的效果
由于小程序是个比较高频次的使用，所以小程序的留存效果比微商城也要好一些，因为小程序通过微信下拉框就能找到，并且也会在留下一丝踪迹，让用户再度想起，微商城的话，人们点击需要两到三个步骤，所以微商城的留存效果相对来说不如小程序的效果好。
4、操作方式不同
微商城，是基于微信公众号开发的，需要用户关注服务号，然后点击自定义菜单，才能进入对应的页面。整个步骤算下来至少三步，如果是用订阅号开发的，功能多，操作步骤至少要四步，整体层级比较多，显得繁琐。小程序，是基于微信开发的，没有任何层级，用户可直接扫码或者点击就能打开，可谓一步到位，可以说是功能强大，易操作，更有利于商家推广和留存客户。
5、运营方式不同
微商城，是基于公众号粉丝运营的，不管是原创文章或者搞各种营销活动，都是为了吸引用户关注，利用营销手段来引导他们在商城里消费。所以做微信商城只是一个开始，后期需要想方设法吸引别人关注。而小程序只能靠着别人想起才会进入。所以小程序不太适合做商城，比较适合高频次的线下消费场景。
微商城就相当于在微信平台上开一个店铺一样，而小程序和微商城区别就是，两者的使用方式上，小程序并不适合做太多的功能，放更多的商品，小程序主要应用于线下实体的消费场景中，如排队点餐，微商城则比较更好地容易服务于线上，帮助商家开启线上商城。
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