三级分销系统的运行机制对于这个系统来说是非常重要的，当前所有的三级分销系统实行的都是最末端三级返回佣金的机制：即可以直接带来购买行为的是第一级分销商，它的销售可以直接产生利益，可以将其记做分销商A。A的上一级分销商B就是二级分销商。那么同理，C就是第三级的分销商，商家可以发展许多许多的分销商。
比方说某消费者从分销商A那里购买了一定数量的商品，那么分销商A可以获得第一级的佣金，分销商B获得二级佣金，那么分销商C就是三级，而所有C之后级别的分销商就无法获得佣金，这就是末端三级返佣机制。再来看一下三级分销系统具体的佣金分配机制。
通俗地说，最末端三级分佣机制下，第一级分销商得到的佣金肯定是最多的，因为他们是能直接为厂家带来订单和最大利润的分销商，一级分销商的下线即二，三级分销商相应地会获得第二级和第三级的佣金。
我们可以假设这样一个商品，成本60元而价格为100元。生产厂家通过三级分销系统将其售出，那么净利润应当是40元，但是要把这里面的20元作为佣金返还给厂家的分销商，那么就可以将一级佣金定为一半即20元，第二级设定为6元的即20元的30%、三级就是4元即20元的20%。这样，每一笔交易第一级分销商佣金为10元，二级6元，三级4元。
消费者会有多次购买，完成多次交易，三级分销系统之下的每一个分销商都会获得相应返佣。