如果商标注册证书丢失了，有两种申请补发注册证书的方式
第一、可以自己向商标局提交补发商标注册证书的申请。
第二、可以委托知识产权代理机构来申请
[法律依据]《商标法实施条例》第六十四条，《商标注册证》遗失或者破损的，应当向商标局提交补发《商标注册证》申请书。《商标注册证》遗失的，应当在《商标公告》上刊登遗失声明。破损的《商标注册证》，应当在提交补发申请时交回商标局商标注册人需要商标局补发商标变更、转让、续展证明，出具商标注册证明，或者商标申请人需要商标局出具优先权证明文件的，应当向商标局提交相应申请书。
符合要求的，商标局发给相应证明，不符合要求的，商标局不予办理，通知申请人并告知理由,伪造或者变造《商标注册证》或者其他商标证明文件的，依照刑法关于伪造、变造国家机关证件罪或者其他罪的规定，依法追究刑事责任。