1966年10月，交通部决定在南京港建设海进江石油中转装卸区。1971年4月，栖霞山石油中转装卸区建成投产。1972年，南京港成为全国年吞吐量最大的内河港口。1980年2月27日，雨花号远洋货轮首航香港，南京港正式成为开办对外贸易的港口。1986年3月20日，交通部宣布南京港对外开放。南京港是中国南北交通和江海运输、水陆换装、水水中转的重要枢纽，是长江中上游地区对外贸易最便捷的中转港。南京港正式对外开放，标志着中国对外开放的区域已由沿海地带向长江流域推进。
南京港的主体南京港口集团公司，去年共完成吞吐量6798万吨。目前，港口集团拥有码头泊位73座，其中万吨级泊位20座，港区库场面积100多万平方米，港区铁路18公里。
50年间，南京港先后经过4次大规模建设。从1959年起，对南京港浦口煤港区进行改扩建，使这个港区形成1200万吨的年吞吐能力，并形成40万平方米的堆场。上世纪70年代，投资兴建了栖霞山油港区以及仪征市赵庄沟油港区，油港区年吞吐能力达到4000万吨，成功地解决了沿江炼油厂的原油运输问题。1982年至1990年间，分期建设的南京港新生圩外贸港区，能够进行内贸外贸物资的装卸作业、集装箱中转以及汽车滚装作业，使这个港区可一次性停靠万吨轮14艘，并具有2000万吨的年吞吐能力。2004年3月建成试投产的龙潭集装箱港区，设计年吞吐能力为52万标准箱，目前实际年通过能力已经达到100万标准箱。