深圳地处南海之滨，在粤港澳大湾区核心位置，背靠经济特区和珠三角强大的工厂群，深圳港口成为全国前列。2013~2016年，深圳港连续四年保持全球国际海运集装箱港口第三位，仅排在上海港与新加坡港之后。
深圳港形成了蛇口、赤湾、妈湾、盐田、东角头、福永、沙鱼涌、下洞、内河九个港区。
1、盐田港
盐田港是全国集装箱吞吐量最大的单一港区，也是目前中国大陆远洋集装箱班轮密度最高的单个集装箱码头。
2、蛇口半岛港口集群(蛇口港-赤湾港-妈湾港-东角头港)
蛇口港是中国最大的转运中心之一，位于广东省深圳市蛇口半岛南端，是华南地区重要的集散中心和中转口岸。蛇口港可同时靠泊10艘万吨级以上船舶，最大靠泊10万吨级散货船，锚地可靠泊12.5万吨级散货船，是华南地区重要的粮食、建材集散中心和内贸集装箱中转口岸，并拥有深圳地区最大的客运码头。
赤湾港紧邻蛇口港，是一个内河船舶和远洋水深巨轮均能靠泊的河口良港。
妈湾港主要经营散杂货、液体化工产品、油品和煤炭等。 妈湾港区面临珠江矾深水航道，以涨潮流为主，含沙量少，港区天然水深9～14米 。码头泊位11个，其中万吨级以上深水泊位6个，最大靠泊能力5万吨级，货物综合吞吐能力1149万吨，码头岸线长2543米。
东角头亘富康信集装箱码头，位于蛇口港和深圳湾跨海大桥之间，正在建设中。
3、福永码头
深圳机场福永码头位于深圳宝安国际机场区西南角位置，距新航站楼仅2公里(车程约5分钟)，陆路与宝安大道、广深沿江高速公路和机荷高速公路相接，水路距港澳约70分钟航程、距香港机场码头约40分钟航程。主要经营：装卸搬运、货物仓储、联运服务，船舶外轮供应，五金、百货、针织品、建材的销售、集装箱上门维修、物业管理、房屋租赁、从事广告业务。
4、葵涌港区
沙鱼涌、下洞2个港口码头背靠土洋和下洞石化区，成为这一地区主要的出海通道。