公众号商城和小程序商城的区别如下：
1、进入方式
小程序可以直接搜索进入商城，也可以链接至公众号底部，通过微信公众号的底部菜单进入，还可以搜一搜查找进入，多种方式进入。公众号商城一般是通过公众号的底部菜单、会话框和朋友圈分享链接，进入微信商城，虽然也可以通过扫一扫进入公众号在进入商城，但是操作步骤上会稍繁琐一些。
2、流量入口
小程序流量入口众多，不仅能够与公众号对接，将公众号作为流量入口外，还拥有附近小程序、搜一搜、朋友分享、群分享等众多入口。公众号商城主要的流量入口主要是公众号菜单栏、朋友圈、搜一搜等，流量入口较少。
3、运营方式
小程序可以直接使用促销活动，借助附近的小程序、搜索等功能触达用户，进入小程序中即可了解活动下单购买，营销线路更短。公众号商城在关注粉丝的基础上进行营销，主要利用公众号发布软文，或者营销活动，然后再将进一步导流到商城。
4、留存效果
小程序有着比较好的用户留存的效果，用户在使用过之后，可以通过微信下拉框、搜一搜等多种渠道，再次找到微信小程序，但是微商城的留存效果相对来说不如小程序的效果好，用户一旦离开，只能通过微信公众号这一种方式再次找到。
以上是公众号商城和小程序商城的一些区别，根据实际的需求和场景，选择适合的商城类型是更重要的。