个体户小程序认证流程如下：
1、在微信公众平台，登录你的小程序——首页——点击认证。
2、同意协议：在《微信公众平台认证服务协议》的最底部勾选“我同意”后，点击下一步。
3、填写资料：
选择机构类型——企业法人/个体户商户。
上传一份申请公函。点击《下载公函模板》，在点击后的跳转页面中点击《打印本页》，打印后需要手写将红线内容填写完成,然后加盖公章/法人签名,加账号联系人签名。填写完成后，再将公函扫描或者拍照上传即可。
填写企业资质信息 。
填写对公账户 。
最后补充认证联系人信息，扫码后点击下一步即可。
填写发票后，需向微信官方平台缴纳300元认证审核费用：若审核失败，300元是不予退还的，因此请确认信息无误后再提交（审核300元费用将每年收取一次）。
4、认证申请完成后，在认证审核过程中会有第三方审核机构联系您，并与您核对认证主体信息，以及会往您留的账户汇小额打款，后续审核人员都将致电您确认。
5、完成以上的微信认证后，开始去补充《小程序基本信息》相关文档。
个体户小程序认证的具体流程可能根据微信公众平台政策变动而有所差别，具体认证流程建议咨询微信官方客服。