翡翠航空二字码：JI 翡翠航空三字代码：JAE 航班呼号：JADE CARGO
2004年，翡翠航空开始筹建。公司计划总投资为9000万美元，初期投资与注册资本为3000万美元。其中深圳航空公司、德国汉莎航空公司、德国投资与开发有限公司宣布总共出资3000万美元，成立深圳翡翠货运航空公司，三者分别占股51%、25%、24%。 翡翠航空以深圳为基地，全货机运营，主要经营国际定期与非定期航空货物运输服务，还将广泛开展国内外航空货物运输销售与代理服务，同时兼营进出口服务、飞机租赁服务、货物仓储服务、地面操作服务、货站建设与经营等，航线网络可以覆盖亚洲和欧美地区。
2005年9月，刚刚成立的翡翠货航宣布出资13.1亿美元，向波音公司订购6架波音747-400ERF货机。其中第一架全新的747-400ERF货机已于2006年8月1日抵达深圳宝安国际机场，并于8月5日执行了由深圳宝安机场飞往阿姆斯特丹机场的第一次商业航班飞行。
翡翠航空第一架货机，注册号为B-2439的747-400ERF 摄于阿姆斯特丹，图片来源于网络
随后，在2006年11月--2008年1月，翡翠航空剩下的5架747也逐渐交付。翡翠货航迎来其全盛期，机队共有6架波音747全货机，其中3架为自有，另外3架以租赁方式从租赁商处租回。预计将有17.28万吨的年国际货运吞吐量，这对深圳物流转运中心的形成和我国进出口贸易的发展都将有着重要的推动作用。
2009年12月11日上午，深圳市副市长张思平在五洲宾馆会见了来访的德国汉莎货运航空公司(Lufthansa Cargo AG，简称“汉莎货运”)总裁兼首席执行官卡斯滕·史博一行。汉莎集团和汉莎货运选择与深圳合作设立翡翠航空，并将发展重点放在中国、放在深圳的战略是正确的。基于对中国和深圳未来经济发展的信心，汉莎集团将进一步支持翡翠航空，加强其在公司全球战略中的地位。翡翠航空在初期运营6架波音747-400erf型超远程货运飞机,经营国际货运航线30余条。
翡翠航空成立之初，飞机出去时满仓的中国商品，回来时则带德国货物满载而归。然而，这样的情况，随着2008年全球金融危机，市场开始疲软而一去不复还：先是往返货机通常只能装到半仓，到2011年，已经基本无货可运。
由于经济问题，翡翠航空从2011年12月31日起停止运营。汉莎货运董事长兼首席执行官加内特(Karl-Ulrich Garnadt)称，翡翠航空的公共航空运输企业经营许可证依然有效，所有员工工资照常进行了支付，旗下6架波音747-400货机已停飞，处于正常维护状态。加内特表示：“这是目前情况下，我们所能做到的最好水平。”汉莎货运正试图出售其所持翡翠航空股份，也不排除破产的可能，但他拒绝透露具体解决方案。加内特表示：“尽管韩国市场需求疲软，香港甚至出现两位数下降，但中国内地市场需求仍然旺盛。亚洲货运航线对汉莎货运来说，仍是最重要的市场，我们50%的业务涉及亚洲。我们从欧洲到亚洲的销售额增长了22%，这也弥补了一部分损失。
截至2012年1月31日，翡翠航空总负债43.87亿元，其中银行负债34.5亿元，多数贷款来自中行，建行也有少量债权;股东负债3.45亿元，经营性负债5.92亿元(包括抵押给中国银行的三架飞机，每架飞机欠租金225万美元，三架共欠租金675万美元)。
在重组提议遭到海南航空股份有限公司(Hainan Airlines Company Limited，简称“海航”)、中国国际航空股份有限公司(Air China Limited，简称“国航”)婉拒之后，深圳当地的一家货运集团友和道通决定出手一试。对于这家只有三架旧货机的民营货运公司而言，翡翠航空拥有的六架承担国际货运的新飞机，以及国内首个合资货运航权，加上打了对折的银行债务，无疑具有吸引力。仅三个月后，在不可预见的费用和难以控制的成本面前，这家公司的接盘希望破灭。2012年5月底，友和道通在历经多轮谈判后，宣布退出重组。
清算组工作人员表示，“友和进入后，发现各方利益纠葛的复杂程度超乎想象。”接近清算工作组的法律专家透露，早在两三年前，国航(深航为翡翠航空的大股东，国航为后者的大股东)已萌生退意，希望尽早从翡翠航空抽身而退，“越快越好”，即使破产也在所不惜。
2012年6月1日，翡翠国际货运航空有限责任公司重启了2011年就提出的自主破产清算。重启清算后，中行依然在焦急地寻找替代方案。“以最大限度地保全银行的资产。”知情人士称，上述贷款已经做了相应的拨备，所以此前中行对于上述贷款的处置并不急迫。但随着翡翠航空经营状况的每况愈下，企业濒临破产边缘，新的成本不断发生，银行面临的压力也与日俱增。
翡翠航空董事会已经决定自愿解散公司，该进程取决于所有必要的政府批准。我们将作出所有努力以尽量减少对各利益相关方的影响。”“这个行业一旦出问题，就不是小问题，成本会急剧上升，波及效应很大。”航空租赁业的权威人士直言，银行当时选项目时，对可能面对的问题和风险估计不足，导致现在骑虎难下。
翡翠破产后，租赁商收回了翡翠航空最早引进的三架波音747。而翡翠航空自有的，注册号为B-2422、B-2423则被封存于上海浦东国际机场，B-2421被封存于深圳宝安国际机场。从2015年开始，这三架飞机开始线下拍卖。
线下拍卖经历过多次流拍后，2017年11月20日在深圳市中级人民法院的指导下，翡翠航空进行了首次线上拍卖，11月21日，国内空运巨头顺丰航空豪掷3.2亿买下了其中的两架747飞机用于扩充其航空机队。还有一架747飞机没有被拍卖出去，据了解，剩下的这架飞机型号B-2421处于破损状态，仅剩下了机身以及三台发动机，12月12日，淘宝拍卖再度启动了B-2421的飞机拍卖，最终，以色列 ACE 公司竞拍成功。交付之后，该架飞机由于发动机缺失等原因留在深圳机场进行维修和护理。2018年6月22日，这架尘封7年之久的B-2421重返蓝天，飞往异国他乡。