是指海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内及其后的3年内，对与进出口货物直接有关的企业、单位的会计账簿、会计凭证、报关单证以及其他有关资料(以下简称“账簿、单证等有关资料”)和有关进出口货物进行核查，监督其进出口活动的真实性和合法性。
海关稽查的意义
海关稽查是国际通行的海关监管制度，它改变了传统的口岸监管模式，将海关管理延伸到企业内部和货物通关放行后，是海关正面监管的重要手段，极大地丰富和完善了海关监管体系。多年来，海关稽查在强化海关实际监管、提升海关监管效能，监督和规范企业的进出口活动、维护正常进出口秩序，查发企业各类问题、保障国家税收等方面发挥了重要作用。
海关稽查的对象
海关对下列与进出口货物直接有关的企业、单位实施海关稽查：
①从事对外贸易的企业、单位。
②从事对外加工贸易的企业。
③经营保税业务的企业。
④使用或者经营减免税进口货物的企业、单位。
⑤从事报关业务的企业。
⑥海关总署规定的与进出口货物直接有关的其他企业、单位。
海关稽查的主要程序
01稽查告知制度
《海关稽查条例》及其实施办法规定的告知内容包括告知稽查的实施、告知被稽查人的权利、告知稽查结论，同时还特别规定：发现被稽查人涉嫌违法或者少征、漏征税款的，应当书面征求被稽查人的意见。这充分保障了被稽查人的知情权、陈述权、申辩权以及寻求法律救济等权利。
02明确回避制度
《海关稽查条例》规定，海关进行稽查时，海关工作人员与被稽查人有直接利害关系的，应当回避;实施办法对回避制度进行细化规定，确保回避制度落到实处。
03强化监督制约机制
《海关稽查条例》明晰了内部层级核批制度，将海关行使重大稽查职权的内部核批明确规定为“经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准”，同时还进一步完善了海关稽查执法资格制度和双人作业制度等，规范执法行为，强化监督制约。
企业须配合海关稽查
接受并配合海关稽查是进出口企业、单位的法定义务，具体包括以下三方面：
01依法接受海关稽查，如实反映情况，提供账簿、单证等有关资料。
02依法设置、编制会计账簿、会计凭证、会计报告和其他会计资料，真实、准确、完整地记录和反映进出口业务的有关情况，并按照规定期限保管账簿、单证等有关资料。
03配合海关工作，并提供必要的工作条件。海关查阅、复制被稽查人的账簿、单证等有关资料或者进入被稽查人的生产经营场所、货物存放场所检查时，被稽查人的法定代表人或者主要负责人员或其指定的代表应当到场，并按照海关的要求清点账簿、打开货物存放场所、搬移货物或者开启货物包装。
被稽查人权利的保障
01行政告知制度
《海关稽查条例》规定，海关在实施稽查的3日前，应书面通知被稽查人;海关实施稽查后，发现被稽查人涉嫌违法的，应当征求被稽查人的意见，被稽查人可以对稽查认定的事实提出异议;海关在作出稽查结论时，应在稽查结论中说明作出结论的理由，并告知被稽查人的权利。
02行政救济制度
对于海关稽查过程中及其后续处理中的具体行政行为，被稽查人有依法提出陈述、申辩、复议、诉讼的权利。
03海关执法权限
《海关稽查条例》规定了海关稽查中可以行使的职权，除一般性规定之外，对于一些行政强制行为和特殊情形，《海关稽查条例》对海关内部批准层级作出了严格限定，以更好地保护行政相对人合法权益。例如，海关不经事先通知实施稽查时，以及稽查人员在实施查询被稽查人存款账户，查封、扣押账簿、单证等有关资料和有关进出口货物时，须经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准。
“互联网+稽核查”的概念
在现行稽核查制度的框架内，运用互联网技术和手段，把实地下厂稽核查转变为在网上远程进行，实现隐形监管。
“互联网+稽核查”权限的开通
被稽查企业通过“互联网+海关”提交开通“互联网+稽核查”的权限。
被稽查企业需使用企业电子口岸法人卡登录，法人卡登录后可开通“稽核查事项”所有业务、权限。如果被稽查企业使用操作员卡登录系统，则只能查看“海关通知”。
具体开通程序为：登录“互联网+海关”—企业管理和稽查—企业稽核查—稽核查功能开通—签署《企业同意书》—海关端接收后，将反馈“海关接收成功”的回执发送到企业界面。
“互联网+稽核查”可办理的业务
01稽(核)查作业补充资料
提交程序为：登录“互联网+海关”—企业管理和稽查—企业稽核查—稽核查事项录入—稽(核)查作业补充资料—输入稽核查作业编号—“新增”添加资料附件。按格式要求上传资料。
02提交对《海关征求意见书》反馈意见
提交程序为：登录“互联网+海关”—企业管理和稽查—企业稽核查—稽核查事项录入—提交对《海关征求意见书》反馈意见—输入稽核查作业编号—“反馈意见”栏选择“无异议”或“有异议”。
03查看海关通知
查看程序为：登录“互联网+海关”—企业管理和稽查—企业稽核查—查看通知。海关通知内容包括送达海关稽查法律文书以及发送海关一般通知。海关一般通知包括要求企业提供相关资料，联系相关人员协助稽查，向企业反馈其向海关提交的主动披露报告的合规性审查结果等内容。