网站的内容和链接设计都是逻辑意义上的设计。在物理意义上，网站是存储在磁盘上的文档和文件夹的组合，这些文档包括HTML文件以及各种格式的图像、音频和视频文件。如果这么多文件杂乱无章地存放在服务器的硬盘上，必然会给网站的维护与扩充带来障碍。合理的站点结构，能够加快对网站的设计、管理，提高工作效率，节省时间。网站的规划是将网站上所有的文件组织成合理的文件目录结构。规划网站的目录结构时，通常遵循一定的规则:
(l)按栏目内容分别建立子文件夹。一般来说，用文件夹合理构建文档的结构方法是:先为网站创建一个根目录:然后在其中创建多个子文件夹:再将文档分门别类地存储到相应的文件夹下，必要时，可以创建多级子文件夹。
(2)资源按类存放在不同的文件夹中。
(3)文件夹的层次不要太深，以免系统维护时查找麻烦。
(4)避免用中文命名文件或文件夹。尽管中文命名对于使用汉语的用户来说更清晰易懂，但因为很多Intemet服务器使用的是英文操作系统，不能对中文文件名和文件夹名提供很好的支持，以至于可能导致浏览错误或访问失败。
(5)在每个主目录下都建立独立Images目录。一般来说，一个网站设计根目录下都有一个默认的Images目录。将所有图片都存放在这个目录里很不方便，比如在删除栏目时，图片的处理相当麻烦。所以为每个主栏目建立一个独立的Images目录是很必要的。
（6)其他需要注意的还有：目录的层次不要太深，一般不要超过3层;不要使用中文目录名，使用中文目录名可能对网址的正确显示造成困难;不要使用过长的目录名，太长的名字不便于记忆；尽量使用意义明确的目录名，以便于记忆和管理，使用简单的英文单词或者汉语拼音及其缩写形式做目录名是一个不错的主意。