远距离运输需要较完善的基础设施，国内在冷库及冷藏车等基础设施方面存在较大的不足，导致生鲜运输半径小（一般为1-20公里），本地化消费占多数，而在需求比较旺盛的区域，存在供给不足的情况，产品价格较高，同时在运输过程中存在较大的损耗，供给与需求存在失衡。
（二）生产端产品质量缺乏标准、产品安全难以有效控制。“小规模生产式”的生鲜供应链体系决定了供应链的不稳定性，采购的分散化导致报税比较困难，上游难以形成企业化的运营模式。同时分散化的供应链体系难以形成标准化的管理体系，而在前端的损耗控制以及产品结构上不稳定性较高，导致整体产品的新鲜度以及损耗率难以有效保证。
（三）流通环节多，流通链条长，产品损耗大。国内生鲜整体损耗率水平较高，相较于欧美日等成熟国家60%以上的产品保鲜化比率，整体水平提升空间大。
（四）产品同质化严重，终端毛利率低。生鲜业务毛利率普遍偏低，大多在20%以下，其主要原因为：（1）生鲜作为农产品，加价空间有限；（2）生鲜产品同质化严重，不同渠道之间主要依靠价格竞争，难以维持高毛利水平；（3）超市将生鲜作为聚客流量入口，会主动控制毛利率，保持价格竞争力。由于生鲜毛利率低，也不利于生鲜产品的品牌建设，同质化严重。
（五）流量成本非常高：各地都有这样的互联网操盘的推送的公司，政府其实也很给力了，在每个县市都建了冷链物流基地，但核心问题是，流量成本非常高，现在每个县域做农产品顶多是把页面做出来之后放到淘宝上，放到京东的旗舰店上，但是在这种海量商品沉淀的地域，流量几乎不会到你那里去。
只把互联网当成销售渠道，而没有从源头、从产品的属性上去改善，去锻造属于互联网的这种农产品的话，那么这个产品我们还是叫农产品，而不是具有互联网属性的商品，或者说不是具有互联网属性的食品。因为不具有自然的传播性，也不具有天然的品牌性。
目前冷链运输存在的痛点做生鲜电商，首要问题就是解决产品的新鲜感，从干线冷链到支线冷链、从仓储到送达终端的全程持续性冷链运输就显得尤为必要。
国内冷链运输发展落后，还远远达不到专业化的全程冷链运输系统，专业化程度不够但成本投入却很高，从而使实力较弱或企业较小的生鲜电商们难以承受。
“生鲜冷链”是生鲜电商关键环节，而生鲜产品对冷链运输的高要求增加了产品物流运输的成本，从而使产品的售价提高。而且由于冷藏车、冷库设备、温度控制终端等的建设需要投入较高成本，因此对单一的生鲜电商来说，自主投入建设不现实也不划算，于是就兴起了生鲜电商之间的合作或与第三方合作的经营方式。
国外生鲜供应链ToB市场对我国生鲜供应链的启示纵观美国生鲜电商的发展史，生鲜TO C领域，美国市场并没有比中国市场有更有突破性。反观生鲜TO B领域，美国的餐饮供应链体系完整、专业化程度高，呈现了显著的龙头集中趋势，是中国生鲜TO B领域可以参考的对标市场。
美国生鲜B2B的成功得益于宏观环境的标准化，其中包括上游农业的机械自动化和下游餐饮企业的规模化。以上游农产品源头来看，美国的农业规模化、专业化、机械化程度高，种植地较为集中，单个农场的生产规模大。
规模化的农业产品对于生鲜B2B企业而言，可以大幅降低采购成本和运营成本。智能化的生鲜B2B还可以整合下游需求，以销定产，指导上游农业生产周期和规模，减少滞销风险。因此，农产品的产地、品类标准化能够大幅促进智能生鲜B2B的发展。
生鲜供应链新模式探索B2B渠道压缩B2B渠道压缩主要参与者是来自流通环节的经销商，他们通过整合上游的生产商、品牌商与下游的零售渠道，将流通渠道缩短，提升利润空间。
这种模式单纯的整合了经销商体系，他们成功的关键在于通过线上或者线下的渠道整合，匹配上游与下游的需求，由于不参与到产地环节，对产品的把控度不强。因此，唯有做好产品周转速度（物流效率，信息流，资金流整合），提高产品性价比，减少产品的损耗率才能提升利润空间。
自采直营随着终端零售商渠道的增多，企业对上游日趋强势，部分零售企业不满足零售渠道的利润，向上进行延伸，在生鲜领域的表现为：
1.进入到产地通过买手取代过去农贸经纪人的角色；
2.和产地合作发布自有生鲜品牌。
自采直营比B2B渠道压缩更进一步，深入到产地和零售终端，这样做的好处是，可以更高效的处理上游供应和下游需求，但是由于下游直面零售业态的租金和人工成本，关键在于提高零售端的规模，增强品牌调性，增加坪效，当然对自营的物流体系也提出的更高的要求。
前置仓+即时物流外卖平台的兴起，让O2O变得寻常。在生鲜领域，通过前置仓代替门店也因为即时配送的成熟变得可能。这种模式在自采直营的基础上利用了移动支付的普及，节省了下游零售端的业态租金，取而代之的是即时配送的到家服务。由于考虑到消费者对于生鲜品质的忧虑，一般而言，这种商业模式会和产地合作，打造生鲜品牌，增强产品品控，提升产品溢价空间。