即使在客户信息存储方面，CRM与营销自动化之间是一致的，但无论是从定义，还是目标、服务对象、作用等，CRM与营销自动化之间都存在着本质区别。
1、定义不同：所谓CRM，有人把它定义为：旨在管理企业与现有客户、期望客户之间所有互动的一种策略。而营销自动化则被定义为：能够帮助企业对营销任务、工作流进行程序化、自动化执行并衡量其营销效果的工具。
2、目标不同：从根本上来说，CRM系统是以客户为中心的，而营销自动化更倾向于以营销为中心。
3、服务角色不同：营销自动化主要用于培养潜在客户，而CRM系统是从新客户挖掘、老客户盘活两方面双管齐下，确保销量的稳定。
4、作用不同：营销自动化能够在潜在用户对产品或服务兴趣最大时自动推送营销邮件，主要实现从潜在客户变为有效线索的过程。而CRM系统是包括从潜在客户变为有效线索、从线索变为真实客户、为客户提供个性化服务等企业与客户打交道的全生命周期管理。某种意义上来说，营销自动化只是CRM系统中的一部分。