B2B网上商城又称B2B在线商城系统，是一个功能完善的在线交易系统，主要为在线销售和在线购物服务。其功能主要包含商品的管理、会员的管理、订单的管理、库存的管理、优惠的管理、在线支付等。
B2B网上商城主要运营模式垂直B2B模式面向制造业或面向商业的垂直B2B。垂直B2B可以分为两个方向，即上游和下游。生产商或商业零售商可以与上游的供应商之间的形成供货关系，生产商与下游的经销商可以形成销货关系。简单的说这种模式下的B2B网站类似于在线商店，这一类网站其实就是企业网站，就是企业直接在网上开设的虚拟商店，通过B2B网上商城可以大力宣传自己的产品，用更快捷更全面的手段让更多的客户了解自己的产品，促进交易。
综合模式面向中间交易市场的B2B。这种交易模式是水平B2B，它是将各个行业中相近的交易过程集中到一个场所，为企业的采购方和供应方提供了一个交易的机会。这一类网站其实自己既不是拥有产品的企业，也不是经营商品的商家，它只提供一个平台，在网上将销售商和采购商汇集一起，采购商可以在其网上查到销售商的有关信息和销售商品的有关信息。
自建模式行业龙头企业自建B2B模式是大型行业龙头企业基于自身的信息化建设程度，搭建以自身产品供应链为核心的行业化电子商务平台。行业龙头企业通过自身的电子商务平台，串联起行业整条产业链，供应链上下游企业通过该平台实现资讯、沟通、交易。但此类电子商务平台过于封闭，缺少产业链的深度整合。
关联行业模式关联行业B2B模式是相关行业为了提升眼下电子商务交易平台信息的广泛程度和准确性，整合综合B2B模式和垂直B2B模式而建立起来的建立跨行业电子商务平台。
B2B网上商城建设的意义传统的企业间的交易往往要耗费企业的大量资源和时间，无论是销售和分销还是采购都要占用产品成本。通过B2B网上商城的交易方式买卖双方能够在网上完成整个业务流程，从建立最初印象，到货比三家，再到讨价还价、签单和交货，最后到客户服务。B2B商城使企业之间的交易减少许多事务性的工作流程和管理费用，降低了企业经营成本。
B2B网上商城不仅仅是建立一个网上的买卖者群体，它也为企业的之间的战略合作提供了基础。任何一家企业，不论它具有多强的技术实力或多好的经营战略，要想单独实现B2B是完全不可能的。单打独斗的时代已经过去，企业间建立合作联盟逐渐成为发展趋势。