跨境电商作为一种新型的贸易方式，需要依靠网络平台进行知识产权的使用和交互，相对于传统类型的知识产权问题来说，掺杂了“跨境”和“线上”元素的知识产权会变的更加复杂，而这种“跨境性”和“线上性”也给知识产权保护问题带来新的冲击和挑战。跨境电商有B2B、B2C和C2C等多种交互模式。
其中，由于B2B模式的数量最多、贸易金额最大，电商平台一般通过规范合同的方式进行运作，这类模式下的跨境电商知识产权纠纷的数量相对较少。而B2C和C2C模式下的跨境电商网购货物主要以日用品和电子产品为主，存在数量多、品种杂、重量轻和体积小的特性。尽管在跨境贸易过程中，海关会对跨境电商的知识产权侵权进行一定检查，但是其全程溯源监管能力有限，依据现有的人力资源和技术水平无法做到单单查验是否侵权。
跨境电商交易商品涉及的知识产权主要是专利权和商标权，还有少量著作权，各种高成本因素使海关在知识产权的保护上很难采用主动保护模式。跨境电商中的知识产权保护问题主要有两类：一是进口商品侵犯本国商品的专利权和商标权，二是出口商品侵犯他国商品的专利权和商标权。国际上各大知名奢侈品牌就因专利问题发生过很多价值稀释、市场份额缩小及利润减少的问题。
作为企业发展壮大的重要力量源泉及增强竞争力的核心要素之一，知识产权保护在我国跨境贸易企业全面进军全球市场并占领市场份额中显得尤其重要。纵观我国的立法现状，在跨境电商领域的规定大多散见于《著作权法》《专利法》《商标法》及《知识产权海关条例》等法律法规中。直到2018年《电子商务法》的通过，我国才有了首部关于跨境电商的综合性法律，该法第四十一条规定：“电子商务平台经营者应当建立知识产权保护规则，与知识产权权利人加强合作，依法保护知识产权。”除此之外都是一些国务院各部门的相关通知公告等，其中涉及知识产权侵权问题的规定也较为零散。
中国在加入世贸组织后也吸收了国外先进的立法经验，完善和健全知识产权法律法规，例如在《商标法》中增加了惩罚性赔偿的相关规定。另外，我国已加入大部分知识产权国际多边条约，其中最重要的是《建立世界知识产权组织公约》和《与贸易有关的知识产权协定》，目前也有部分国际知产规定可以使用在跨境电商的知识产权保护中。
由于跨境电商销售的商品将在世界各地流通，所以除了要遵守我国有关此的知识产权规定外，各主体还需要遵守其他相关国家或区域的知识产权规定。如欧盟商标注册的费用低廉，只需要申请注册一次，就可以在整个欧盟的二十七个成员国使用该商标并获得欧盟27个成员国的保护。但是只要共同体27个成员国中有一个成员国提出异议，而且这个异议成立，将导致整个共同体商标注册被驳回。
另外，由于美国的长臂管辖权规定只要该被告与法院所管辖区域有某种“最低联系”，即可进行诉讼行使管辖权。因此，在跨境电商案件中，虽然卖家提出自己在美国没有实体，自己也从未去过美国，因此不存在“最低联系”。但有部分美国法院且认为即使被告“仅通过其网站和第三方网站在线销售其产品”，也形成了“最低联系”，因为被告(1)在客户必须选择的“发货地”选项中包含了管辖地;(2)向客户发送电子邮件，确认论坛中的发货地址;以及(3)将产品运送到管辖地的地址。所以跨境电商务必关注美国的知识产权规定，否则可能会因其长臂管辖权而被美国法院惩治。